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결핵성 장염에 대한 가장 중요한 치료는 폐결핵과 마찬가지로 항결핵제 투약이며, 합병증이 생긴 경우에는 수술적 치료가 필요하다.

통상적으로 항결핵제 투약으로 치유되는 단계에서는 결핵성 장염의 초기에 진단되면 반흔을 남기지 않고 완전 소실되나, 진단이 지연되어 심한 궤양성 병변인 경우 반흔을 남기며, 일부에서는 게실 혹은 그물눈 모양으로 변형되기도 한다.

항결핵제는 다른 약제도 그렇지만 독성이 강하다. 때문에 환자에 따라 소화장애나 간 기능이 나빠지는 경우도 흔히 볼 수 있다. 따라서 항결핵제를 복용할 때는 정기적인 혈액 검사로 부작용 여부를 확인해야 한다.

현재 사용하고 있는 가장 일반적인 결핵치료는 네가지 항결핵제(이소니아지드, 리팜핀, 에탐부롤. 피라진아미드)가 대표적 약물이다.

◇이소니아지드(Isoniazid)

결핵의 예방과 치료에 사용되는 항결핵제 중 가장 항균력이 강하다. 바이타민 B3 nicotinamide와 바이타민 B6 pyridoxine의 유사체이며, 효소가 기질로 특정 대사물을 사용할 때 경쟁적으로 저해하여 대사과정을 차단한다. 또 결핵균(M. tuberculosis)의 세포벽 구성성분인 mycolic acid의 합성을 저해한다. Isoniazid는 항균활성범위가 좁고 결핵균 이외의 세포에는 대부분 작용하지 않는다.
부작용으로는 발열, 발진, 간 장애(황달), 말초신경염 등이 있다.​

◇리팜핀(Rifampicin(RFP)

리팜핀은 결핵 초기치료약 중에서 중요한 역할을 하는 약제이다.
Rifampicin은 Anasmycin계 항생제에 속하는 rifamycin의 반합성 유도체 중 하나이다. DNA-dependent RNA polymerase의 core enzyme인 ß-subunit와 결합하여 전사 초기과정을 저해하는 것으로 알려져있다.
1957년에 Amycolatopsis rifamycinica 배양액으로부터 분리된 rifamycin B의 단점을 보완하여 1959년에 고효능과 뛰어난 내약성을 갖는 rifampicin을 만들었다. rifampicin은 결핵균 및 나병균 치료에 탁월한 효능을 보였다. 부작용으로는 간독성 등이 있다.

◇피라진마이드(Pyrazinamide)

결핵균(M. tuberculosis​)의 성장을 저해하는 prodrug이다. 산성에서만 활성을 갖는 효소 pyrazinamidase를 함유하고 있는데, 이 효소는 pyrazinamide의 활성형인 pyrazinoic acid로 전환한다. 전환된 pyrazinoic acid가 fatty acid synthetaseⅠ을 저해하여 지방산 합성을 방해한다. 부작용으로는 관절통, 간독성 등이 있다.

◇에탐부톨(Ethambutol)

Ethambutol은 결핵치료에 isoniazid, rifampicin, pyrazinamid와 함께 병용 투여 된다.
부작용으로는 시신경염, 적녹색명, 말초신경장애, 관절통 등이 있다.​

◇스트렙토마이신(Streptomycin)

Streptomycin는 Streptomyces griseus로부터 생산되는 Amioglycoside계 항생제이다. Amioglycoside계 항생제 중 가장 오래되고 연구가 잘 된 약제이다. 그리고 Streptomycin는 결핵의 치교에 사용된 최초의 항생제였다. 하지만 약제내성과 심한 독성 때문에 결핵치료제로 더 이상 사용되지 않고 대체약제로 남아 있다. 경구용으로는 사용될 수 없고 근육주사로만 투여된다. 부작용으로는 이독성(ototoxicity), 신독성(nephrotoxicity) 등이 있다.