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위궤양 치료는 원인에 따라 달라지는데 헬리코박터균에 의해서 궤양이 발생했다면 제균치료가, 진통제에 의한 것이라며 복용량을 줄이거나 중단하고 다른 약으로의 교체를 고려해야 한다.

특히 헬리코박터 감염으로 진단되면 헬리코박터를 제균하는 것이 궤양의 재발을 방지하는 가장 중요한데 증상이 호전되고 궤양 치유 기간이 단축되며, 동시에 재발률도 현저히 감소되기 때문이다.

비스테로이드소염제가 원인인 경우, 이 약제가 특히 소화성 궤양 재발의 원인이라고 인정되는 경우에는 약 사용을 중지하는 것이 필요한데, 부득이 사용해야 하는 경우에는 세레브렉스(celecoxib)처럼 COX-2 특이 저해제의 사용이 추천된다.

비스테로이드소염제 사용이 불가피한 경우에는 프로톤 펌프 억제제를 적절히 사용해 소화성 궤양 발생을 예방하는 것이 필요하다.

헬리코박터를 치료하는 방법은 단독 사용으로 특효가 있는 약제가 없기 때문에 강력한 프로톤 펌프 억제제와 같은 위산분비 억제제와 함께 아목시실린이나 클래리스로마이신과 같은 두 가지 이상의 항생제를 복용하는 방법이 선호되고 있다.

치료약물 중 제산제는 오래전부터 소화성 궤양의 증상을 완화하거나 치료약제로 널리 사용되어 왔으나, H2수용체 길항제를 비롯한 강력한 위산분비 억제제가 개발됨으로 인하여 단독치료제로서는 잘 사용되지 않고 있다.

헬리코박터균이 위에서 발견이 되었다면 제균을 하기 위해서, 조합된 항생제 치료가 필요한데, 항생제는 아목시실린, 클라리스로마이신, 메트로니다졸, 테트로니다졸, 레보플록사신 등이 포함된다.

보통 제균을 위한 항생제는 2주 동안 사용하게 되며, 위산을 줄이기 위해서 양성자 펌프 억제제(PPI) 또는 비스무스 등이 포함된다.보통 약을 3개 내지는 4개로 조합을 하기 때문에 3제요법 또는 4제요법이라고 불린다.

H2 수용체 길항제는 프로톤 펌프 억제제가 나오기까지 궤양치료의 표준으로 사용되었다. 산성 생성을 줄이기 위해서 H2 수용체 억제제를 사용하는 경우 궤양의 고통을 경감시키고 위산을 줄여 위 점막의 치유를 촉진할 수 있다. H2 수용체 억제제에 해당되는 약으로는 레니티딘(잔탁), 파모티딘(펩시드), 시메티딘(타가메트), 니자티딘(액시드) 등이 있다.

부작용은 성분에 따라 조금씩 다르지만, 변비 또는 설사가 발생할 수 있다. 특히 시메티딘은 여러 가지 부작용이 알려져 있으나 실제적인 빈도는 적은 편으로, 노인에서 중추신경계의 억제로 혼미, 우울증이 오는 수가 있으며, 항 안드로젠(androgen) 효과로 인해 유방비대, 성욕감퇴 등이 초래될 수 있고, 와파린, 인데랄(propranolol) 등의 약제들과 대사가 경합되어 이들 약제의 혈중 농도를 높여 독성을 증가시킬 수 있으므로 주의를 요한다.

프로톤 펌프 억제제는 위산 분비를 담당하는 효소인 H+/K+-ATPase의 시스테인기(cysteine residue)와 결합하여 효소를 억제하게 되는데, 현존하는 약제 중 가장 강력한 산분비 억제제다.
오메프라졸(프릴로섹), 란소프라졸(프레바시드), 라베프라졸(아시펙스), 에소메프라졸(넥시움), 판토프라졸(프로토닉스) 등이 있다.

프로톤 펌프 억제제의 작용은 공복시간이 긴 후에 투여할수록 더 효과적이므로 산 분비억제를최대화하기 위해서는 하루의 첫 식사 전에 투여하는 것이 가장 효과적이며, 대부분의 경우 1일 1회 투여로 산분비 억제 작용은 충분하다고 알려져 있습니다. 하지만 2회 투여가 필요한 경우의 두 번째는 저녁식사 전에 투여하는 것이 좋다.

프로톤 펌프 억제제의 부작용으로는 두통, 설사 등이 보고되어 있으나, 이외에 심각한 부작용은 드물다고 알려져 있다. 유럽에서는 현재까지 거의 20년, 미국에서는 15년 가까이 사용되어 왔으나 종양 발생률이 증가했다는 증거는 아직 없다.