농협중앙회와 농협재단에 대한 특별감사 결과 비위 의혹, 인사·조직 운영 난맥상, 작동하지 않는 내부통제 등 여러 문제들이 확인됐다.
농림축산식품부(장관 송미령, 이하 농식품부)는 지난해 10월 국정감사 등을 계기로 농협 관련 비위 의혹이 반복 제기됨에 따라 '25.11.24.~12.19.까지 총 26명(변호사 등 외부전문가 6명 포함)을 투입, 농협중앙회와 농협재단에 대한 특별감사를 실시하고 중간 결과를 발표했다.
농식품부는 지난해 10월 국정감사 등을 계기로 농협 관련 비위 의혹이 반복적으로 제기됨에 따라 농협중앙회·농협재단의 투명성·책임성 제고를 위해 '25.11.24~12.19.까지 운영 전반에 대해 특별감사를 실시했다.
이번 특별감사는 농협중앙회·농협재단 두 곳에 감사장을 설치해 동시에 실시했고, 엄정하고 객관적인 감사를 위해 외부 전문가(변호사·회계사 등 6명)가 참여했으며, 농식품부 감사담당관실(감사)·농업금융정책과·농촌사회서비스과(지도·감독) 업무 담당자 9명과 농업정책보험금융원 등 4개 공공기관 감사·검사업무 담당자 11명이 협력하는 등 총 26명을 투입해 진행했다.
또 특별감사가 효과적으로 추진되도록 농식품부 홈페이지에 '농협 관련 익명제보센터'를 개설·운영('25.11.24.~12.31.)했고, 농협중앙회·농협재단에서 동시에 감사를 진행함에 따라 정보공유, 교차점검 등을 위해 감사기간 동안 매주 감사추진상황 점검회의를 개최해 감사의 실효성을 높였다.
이번 감사과정에서 △농협중앙회 임직원 형사사건에 대한 변호사비 지급 의혹 △농협재단 임직원의 배임 의혹 등 법령 위반 정황이 있다고 판단한 2건에 대해서는 추가적인 증거확보와 사실관계에 대한 형사적 판단을 구하기 위해 수사기관에 수사를 의뢰('26.1.5.) 했다.
또 농협중앙회는 임직원의 범죄행위에 대해 고발에서 제외하고자 하는 경우 인사위원회에서 심의하고 결정해야 하지만 심의하지 않았고, 농협재단은 회원조합을 통해 기부물품을 전달하면서 누구에게 전달했는지 확인하지 않는 등 특별감사를 통해 사실관계가 확인된 65건(중앙회43, 재단22)은 확인서를 징구했으며 향후 사전통지 및 이의제기, 결과통보 및 재심의 요청, 재심의 및 통보 등의 절차를 거쳐 감사결과를 최종 확정하고 공개할 예정이다.
농협의 부정·금품 선거 관련 문제점에 대해서는 추가 감사해 수사의뢰, 시정명령 등의 조치를 취할 계획이고 제보시기, 감사기간 제한 등으로 인해 구체적인 사실관계 확인이 미흡했던 임직원 금품수수 및 청탁금지법 위반 의혹 등 38건(중앙회 37, 재단 1)도 추가 감사할 계획이다.
이와 함께 '농협 관련 익명제보센터'를 통해 접수한 제보 중 현장확인의 어려움 등 특별감사를 통해 감사하기 어려웠던 회원조합도 현장 중심 특정감사를 신속하게 실시할 계획이다.
농식품부는 감사 결과와 연계해 반복적인 비위 발생을 예방하기 위해 제도개선을 신속하게 추진할 예정이다. 그간 농협개혁에 대한 논의 끝에 비상임조합장 연임 제한, 조합 외부회계감사 주기 단축(4년→1~2년), 도농상생사업비 신설 등 도시조합 역할강화 등을 주요 내용으로 하는 농업협동조합법 개정안이 지난해 12월 상임위에서 의결됐다.
이에 더해 농협중앙회·회원조합의 인사·운영 투명성을 확대하고, 내부감사 및 견제 기능을 정상화하며, 정부 관리·감독권을 강화하는 방향으로 추가 개선방안을 마련하고 의견수렴을 거쳐 농업협동조합법 추가 개정안을 속도감 있게 발의할 계획이다.
이의 일환으로 농식품부는 농업계, 외부 전문가 등을 포함한 '(가칭) 농협 개혁 추진단'을 1월 중 구성해, 감사를 통해 발굴한 제도개선 과제를 논의하고, 상임위에서 의결된 무이자자금 등 중앙회 운영 공개 방안, 도농상생사업비를 활용한 농산물 판매지원 등 도시조합의 역할 강화 및 경제사업 활성화 방안 등에 대한 후속 입법조치를 체계적으로 마련하는 한편, 선거제도 및 지배구조 개선에 대해서도 검토해 나갈 예정이다.
한편 농식품부는 앞서 언급한 농협중앙회·농협재단에 대한 추가 감사와 회원조합에 대한 현장 특정감사의 경우 보다 더 철저하고 강도 높은 감사를 위해 국무조정실, 금융위원회, 금융감독원 등이 참여하는 범정부합동감사체계 구축을 검토하는 등 그간 제기된 비위 의혹 등을 보다 철저하게 감사하고, 근본적인 제도개선을 통해 농협이 새롭게 거듭날 수 있도록 노력해 나갈 계획이다.